Le carton de La Vierge, l’enfant Jésus, Sainte Anne et Saint Jean-Baptiste conservé à Londres est sans doute à l’origine une commande faite à Léonard par Louis XII, en octobre 1499, peu après son entrée triomphale à Milan. Cependant certains critiques ont récemment émis l’hypothèse d’une exécution beaucoup plus tardive, vers 1505, et même 1508.
    Sainte Anne semble à cette époque aussi populaire chez les Français que chez les Florentins, même si ce n’est pas pour les même raisons. A Florence, elle est une des saintes patronnes de la ville. En France, Louis XII vient d’épouser Anne de Bretagne — sainte Anne est particulièrement vénérée en Bretagne. Peut-être Louis XII a-t-il passé cette commande à Léonard en perspective de la naissance prochaine de l’enfant qu’il espérait être son premier fils — qui sera en fait une fille, née quelques jours après son entrée dans Milan. Il a peut-être l’intention d’offrir la peinture, dont le carton n’est que l’étude préparatoire, comme objet de culte à quelque église de Bretagne. De toute façon, sainte Anne, la Vierge et Jésus enfant test un sujet très fréquemment traité dans l’Italie renaissante. Un peu plus tard, ce sera au tour de François Ier de commander une sainte Anne à Léonard, quand il l’invite à venir s’installer en France, en 1516.
    Deux autres bonnes raisons pourraient permettre de penser que le commanditaire de La Vierge, l’enfant Jésus, Sainte Anne et Saint Jean-Baptiste est bien Louis XII. Même si les dires du curé-collectionneur Padre Sebastiano Resta, sont sujet à caution on peut interroger fra Pietro da Novellara lequel écrit en avril 1501 à Isabelle d’Este, le marquis de Mantoue, pour l’informer qu’il vient de rendre visite à Léonard, à Florence. Dans cette lettre il annonce que Léonard travaille à une Vierge au fuseau (aujourd’hui perdue), destinée à Florimond Robertet, le secrétaire de Louis XII — ce qui prouve que le peintre jouissait de la faveur de la cour française. Nous y apprenons aussi que Léonard a des « engagements immédiats avec le roi de France ». Fra Pietro ne précise pas la nature de cette obligation, mais ce pourrait être le carton de la Sainte Anne puisqu’il décrit celui-ci dans une autre lettre à la marquise, quelque jours après. Néanmoins, la description qu’il donne du carton diffère de celui de Londres, aussi s’agit-il en réalité d’une seconde étude préparatoire. Léonard, sans doute mécontent de sa composition, commence un autre carton, celui précisément que décrit Fra Pietro.
   Quoi qu’il en soit, on a la preuve que le carton de Londres existe en 1502, étant donné que Filippino Lippi copie les figures de la Vierge et de l’Enfant dans la fresque qu’il termine pour la chapelle Strozzi, de l’église Santa Maria Novella, à Florence.